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R语言绘制Violin plot with dot小提琴图

黄小仙 人气:0

小提琴图之前已经画过了,不过最近小仙又看到一种貌美的画法,决定复刻一下。
文献中看到的图如下:

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。
作图数据如下:

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释:header=T表示数据中的第一行是列名,如果没有列名就用header=F

Step3. 绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2)  
library(reshape2)              
# 注释:package使用之前需要调用

Step4. 绘图

data_melt <- melt(data)
ggplot(data_melt, aes(x = variable , y = value , fill = variable)) +
  geom_violin(alpha = 0.5,aes(linetype=NA)) + 
  geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+
  xlab("Gene")+ylab("Score")+
  theme_bw()+theme(legend.position = "none")

关于geom_violin()里的linetype
如果不指定linetype,默认会有黑色边框

关于geom_jitter()
若指定jitter里的width=0,效果图如下:

jitter的shape可以有很多种类型

如果指定shape=24,效果图如下:

最近小仙的话痨病可能又犯了,忍不住想啰嗦几句。
最近小仙真的很没空,同时小仙又是一个对自己很宽容的人,本打算这几个月就不更新了。正巧最近看到村上春树的一本书,《当我谈跑步时 我谈些什么》,颇有感慨。本来我对这位作家的了解,仅限于“挪威的森林”这几个字,然而通过“跑步”这本书,意外得知村上从三十多岁高龄开始跑步,如无意外每天长跑,坚持了二十多年,着实有些惊讶。书中的言语小仙早已忘干净,只剩下一个感觉:我再忙,应该也比不上村上春树吧,他可以天天跑,我一个月写一篇总可以吧。
一开始写“R语言作图”,是网上觉得没有简单易懂的教程,就自己尝试创造一个;后来写是想多写几篇文章,获得更多的关注和粉丝;到现在是就像是对自己的考验,看自己能不能坚持。时间更迭,得到了一些帮助,也帮助了一些人,获得了赞同,也收获了举报。也许写文章也是一种长跑,风云变幻、形形色色就是旅程之风景。

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